DNA-Bibliotheken und Sequenzierung

Zuständigkeiten des Z-Projekts sind die Koordination der DNA-Synthesen und -Sequenzierungen und die Verwaltung des dafür zentralen Budgets. Unterstützt wird die Koordination der DNA-Sequenzierungen von der Core Facility Screening and Automation Technologies (SYNMIKRO, UMR).

Ausgangspunkt für die DNA-Synthesen und -Seqzenzierungen ist die Beschaffung der Oligonukleotidbibliotheken. Aus diesen werden Bibliotheken doppelsträngiger DNA-Fragmente erstellt, die im Projektbereich B verwendet werden. Der Entwurf der Sequenzen erfolgt im Projektbereich A. Ausgehend von einem Pool einzelsträngiger Oligonukleotide erfolgt in Kooperation mit der Core Facility Screening and Automation Technologies die Herstellung eines sortierten Fragmentsets für die modulare Assemblierung von Datensätzen des Pilotprojekts. Auch hierfür entwirft Projektbereich A die Sequenzen der Fragmente. Sie sind mit dem MoClo-System81 assemblierbar und bestehen aus einem kurzen informationskodierenden Kern. Dieser ist flankiert von variablen Sequenzen (zur Vermeidung homologer Rekombinationen) und Adaptern, die Amplifikation und Assemblierung ermöglichen.

Die Core Facility Screening and Automation Technologies verfügt über mehrere Laborautomationssysteme, einem Illumina MiSeq-Sequenziergerät und einem Bioreaktor-System für kontinuierliche Kultivierung und experimentelle Evolution. Abhängig von der benötigten Sequenziertechnologie und Kapazität werden Sequenzierungen in house oder bei externen Anbietern durchgeführt.